Milano San Siro è situata alla periferia ovest di Milano, Poco più di un chilometro a occidente dello stadio Meazza. I sensori della stazione sono posti a circa 20-25 metri dal suolo (ottavo piano dell'edificio) e quindi i dati possono risentire dell'inversione termica. Il territorio è perfettamente pianeggiante e non ci sono elementi orografici particolari che caratterizzano il microclima della località. La zona risente in parte del clima urbano e in parte della presenza di folte macchie di verde. A nord per esempio, ad una distanza di circa 300 metri c'è il parco di Trenno. La stazione, essendo posta ad ovest del grande centro metropolitano milanese, risente inoltre del fatto che nelle situazioni di correnti da est nel periodo invernale risulti smorzato il raffreddamento causato da queste, dovendo infatti esse attraversare prima l'isola di calore metropolitana.