San Giovanni Ilarione è situato nella vallata dell'Alpone e si trova al confine fra la provincia di Verona e Vicenza ad un'altitudine di 185 metri sul livello del mare. La vallata, che ha origine nei pressi di San Bonifacio si allunga per circa 40 chilometri in direzione Nord fino alla località S. Bortolo di Selva di Progno. Le colline che racchiudono la vallata raggiungono a San Giovanni Ilarione un'altitudine di 600 metri arrivando all'estremità nord a circa 900 metri. Di giorno è percorsa da una brezza di valle che di notte si trasforma in brezza di monte. Data la sua altitudine e posizione geografica, molto raramente in inverno San Giovanni Ilarione è interessato dalla presenza della nebbia; per questo motivo sono frequenti inversioni termiche. Le rare nevicate sono di scarsa persistenza.