La stazione è situata su una collina morenica nel comune di Gallarate, in provincia di Varese, dove si trova la frazione di Crenna, a 275 metri di quota. Questa zona si trova a contatto tra due climi differenti tra loro: quello dell’alto milanese e il clima prealpino tipico del varesotto, più freddo e ancor più piovoso. Ne risulta un clima fresco rispetto a quello padano, umido (a causa dei numerosi corsi d’acqua, dei fitti boschi e dei laghi) e con una piovosità media che sfiora i 1600 mm annui. Gli inverni sono solitamente non particolarmente piovosi rispetto alle altre stagioni, e le temperature minime scendono, nelle notti di cielo sereno, sotto lo zero anche di diversi gradi. Per vedere delle nevicate, è necessario che si verifichino irruzioni di aria fredda di tipo artico o continentale, che provochino la formazione di un cuscinetto termico nei bassi strati, il quale permette alle temperature di rimanere sotto lo zero per diverse ore, anche durante le precipitazioni. Non è raro, comunque, vista la vicinanza alle Prealpi, che anche in mancanza di robuste irruzioni fredde, si verifichino episodi nevosi, in seguito a perturbazioni prettamente atlantiche; ma ciò avviene solo dopo numerose giornate anticicloniche con cielo sereno, e prevalentemente nel mese di Gennaio, il più freddo. La primavera ha inizio spesso con alcuni giorni di favonio, il vento caldo che spira da nord e che si può ripresentare in tutti i mesi dell’anno; il periodo primaverile è tiepido, molto piovoso e favorevole ad una elevatissima produzione di pollini causa di allergie. Le estati sono calde ed afose, ma sono numerosi i temporali estivi, anche di forte intensità, soprattutto nel mese di Agosto. L’inizio del mese di Settembre rappresenta il periodo più gradevole per quanto riguarda la qualità dell’aria e le temperature, ma dà inizio all’autunno, la stagione più umida e piovosa, in cui la nebbia si presenta spesso in banchi anche molto fitti che faticano a dissolversi fino alle ore centrali della giornata. Un’interessante nota sul microclima di questa zona ,sono le elevatissime differenze di temperatura riscontrabili in pochi km, infatti, non bisogna stupirsi se, spostandosi di 4-5 km sia verso nord che verso sud, la temperatura varia di 2°C circa.